跟另一个世界的《凉宫春日的消失》虽然不能说百分百一样，但基本上还是没什么区别的。
剧情上接的是《凉宫春日的忧郁2009》，也就是09年的TV版，时间来到十二月。
圣诞节即将到来，女主凉宫春日作为SOS团的团长，策划起了圣诞火锅派对。
不过，没等圣诞节到来，某个早上，男主来到学校，发现了不对劲。
坐在他后面的座位的凉宫春日消失了，一问班上的同学，没有人知道凉宫春日的存在。
更让他感到可怕的是，他的身后，本属于凉宫春日的座位，居然变成了朝仓凉子的座位。
这个朝仓凉子不是一般人，曾经拿刀捅过男主，本应该被长门有希消灭了才对，根本不应该出现在学校。
只是，此时的朝仓凉子似乎只是个普通人，而且并没有拿刀捅过男主那样的记忆，因此男主的大声质问，在班上的人看来，反而成了“病得不轻”的表现。
谷/span之后，男主又去找了SOS团的其他人，结果古泉一树所在的一年级九班直接整个班级都消失了，朝比奈实玖瑠则是完全不认识男主，也没有回到未来的能力，SOS团根本不存在，有的只是文艺部。
文艺部唯一的成员长门有希倒是在，但不再是宇宙人，只是一个普普通通的女生。
曾经一直被男主吐槽的日常不复存在，失去之后，男主才意识到那样的日常的珍贵，意识到普普通通的日常并不是他想要的日常。
无法回到曾经的日常，这让他一度崩溃。
不过，就在他无计可施，甚至考虑要不要接受改变的时候，他忽然在文艺部发现了一本书，找到了那本书中夹着的许愿条，上面有曾经的长门有希写下的话，让他找到两把钥匙，然后启动程序，这样就能恢复到原本的世界。
没说钥匙是什么，因此男主一时间也不知道该从哪里入手，直到他从之前因为感冒而去了保健室的同班同学兼好友口中得知凉宫春日并没有真的消失，而是去了市内别的一所高中。
得知消息后，男主直接早退，去找了凉宫春日，还在那所高中顺带着找到了古泉一树。
凉宫春日和古泉一树同样不认识男主，而且一个不再是神，一个不再拥有超能力。
一开始他们还以为男主是搭讪的怪人，在男主说出他是三年前的“约翰·史密斯”以及他当初写过“我在这里”的外星文之后，凉宫春日才意识到他不是一般人。
随后，三人去了一家家庭餐厅。
男主将所有的情况告诉凉宫春日和古泉一树，凉宫春日不但相信了男主的话，还拉着古泉一树一起去了男主就读的学校。
到了学校之后，拉上朝比奈实玖瑠，去了本应是SOS团社团活动室的文艺部。
正好长门有希也在。
SOS团五人
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